Jabatan Bendahari Universiti Sains Islam Malaysia (USIM) sebelum ini dikenali sebagai Jabatan Bendahari Kolej Universiti Islam Malaysia (KUIM) ditubuhkan sejajar dengan penubuhan KUIM pada hujung tahun 1999.

Timbalan Bendahari Kanan Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) iaitu Puan Hajah Rohani Abu dilantik menjadi Bendahari pertama KUIM dan melapor diri pada 3 Januari 2000.Ketika itu Jabatan Bendahari KUIM beroperasi di Fakulti Pengajian Islam UKM dengan 2 orang staf iaitu Puan Bendahari dan seorang Pembantu Akauntan. KUIM bersetuju melantik Bank Islam Malaysia Berhad sebagai bank rasmi KUIM dan akaun pertama KUIM dibuka pada Mei 2000.

Setelah 2 bulan beroperasi di Fakulti Pengajian Islam UKM, Jabatan Bendahari KUIM berpindah ke Institut Profesional Baitulmal (IPB) pada Jun 2000. Di IPB Jabatan Bendahari KUIM mula menerima kehadiran 11 orang staf dengan pelbagai peringkat jawatan dan telah dibahagikan kepada 2 Bahagian.

Operasi di IPB mengambil masa selama satu setengah tahun sebelum berpindah ke Tingkat 14, Menara A, Persiaran MPAJ, Pandan Indah yang merupakan kampus kedua USIM pada penghujung 2001. Operasi Jabatan Bendahari di MPAJ selama hampir 3 tahun bertambah mantap dengan penambahan 11 orang lagi staf baru menjadikan semuanya 22 orang staf yang dibahagikan kepada 5 bahagian.

Pada Julai 2005, Jabatan Bendahari telah berpindah ke kampus tetap KUIM di Nilai, Negeri Sembilan dan ditempatkan sementara di Bangunan Pusat Teknologi Maklumat (PTM). Di PTM, Jabatan Bendahari menerima 10 orang lagi staf baru dengan penstrukturan 7 bahagian bagi melancarkan mutu perkhidmatan.

Bermula April 2007 sehingga kini, Jabatan Bendahari sekali lagi berpindah. Kali ini ditempatkan di Aras 1 hingga 4, sayap kanan, Bangunan Canselori.

Pada 2013 Jabatan Bendahari yang kini diketuai oleh Pemangku Bendahari bertambah mantap dengan khidmat 42 orang staf tetap/kontrak dan 5 orang staf sambilan. Terdapat 11 Bahagian yang diketuai oleh Penolong Bendahari Kanan /Penolong Bendahari dan seorang Penolong Pendaftar di Bahagian Pentadbiran.